Pelaksanaan aktiviti pengauditan oleh Audit Dalam dibuat berdasarkan Rancangan Tahunan yang disediakan pada setiap awal tahun dan telah mendapat kelulusan daripada Ketua Pengarah. Selain itu, arahan khas dari semasa ke semasa yang diterima daripada Ketua Pengarah menjadi sumber kuasa dalam menjalankan pengauditan/siasatan khas berkaitan sesuatu isu yang tidak dijadualkan dalam Rancangan Tahunan.

Pendekatan pengauditan yang dipraktikan oleh Audit Dalam adalah lebih berbentuk 'problem solver' berbanding 'fault finder'. Ini bermakna Audit Dalam mempunyai peranan penting dalam memastikan amalan terbaik sentiasa diamalkan oleh agensi dalam sebarang aktiviti melalui khidmat nasihat berbentuk syor penambahbaikan dan pembetulan apabila sesuatu kelemahan telah dapat dikenalpasti.

Bahagian Audit Dalam boleh membantu agensi mencapai objektifnya melalui perkara berikut:-

c) Membantu agensi meningkatkan akauntabiliti dan integriti dalam pengurusan kewangan.

Pengauditan boleh ditakrifkan sebagai satu pemeriksaan, analisa dan nilaian yang berterusan dan sistematik ke atas rekod kewangan dan operasi, aktiviti pentadbiran sesuatu organisasi bagi menentukan sama ada prinsip-prinsip am perakaunan, polisi-polisi pengurusan, peraturan dan prosedur yang berkuatkuasa sentiasa dipatuhi.

Di sektor awam, fungsi audit luar adalah dilaksanakan oleh Jabatan Audit Negara, di mana kuasa dan tanggungjawab Ketua Audit Negara adalah ditetapkan melalui Perkara 106 dan 107 Perlembagaan Persekutuan dan Akta Audit 1957. Manakala kuasa dan tanggungjawab Audit Dalam adalah berdasarkan Pekeliling Perbendaharaan Bil.9 Tahun 2004. Audit Luar bertanggungjawab kepada Parlimen mengenai akauntabiliti awam. Sebaliknya, Audit Dalam adalah sebahagian daripada sistem kawalan pengurusan di Agensi dan ia bertanggungjawab terus kepada Ketua Pengarah.